What is the global interest in studies into Infectious Intestinal Disease (IID) burden? I aimed to answer this by examining the use of IID1 and IID2 study reports, and related work, and visualise the findings using a dynamic application (app) interface.
I am currently a research associate at Newcastle University working on the third study of IID (IID3) in the UK. My interest in epidemiology and epidemiological modelling made this a fun challenge. What follows is our latest update in which I will walk you through the app and some exciting news on where it might lead.
Background on IID3
The IID3 is designed to estimate the current burden of IID in the UK. The aim of the study is to provide revised estimates of the total disease prevalence, as well as an assessment of the causative organisms.
We are interested in how these findings will be used, so we posed the question of how we might measure the use and global reach of the study and any associated work. I was tasked with developing a strategy to assess the awareness, reach and impact of the current study based on how the previous two IID studies were used in both scientific literature and policy.
The importance of IID studies
1 in 5 people in the UK suffer from gastrointestinal disease and it costs the UK an estimated £1.5 billion each year. The multi-institutional studies of IID1 (August 1993 – January 1996) and IID2 (September 2007 – August 2009) have provided policymakers with evidence of the prevalence, cause, and burden of IID in the UK population. The policy interest in these studies has global reach, as the estimated costs of diarrhoeal disease are in the region of 345 million EUR in the Netherlands, 270 million EUR in Australia and 2.8 billion EUR in Canada.
Methodology
My background is in statistics and computer modelling. Therefore, my first thought was to create, not only an automated way of sorting through large amounts of citation data, but also a fun and interactive way of displaying the data that allowed the user to interrogate the data based on their own interests. What better way of doing this than making an app?
But before I could do this, I needed data, perhaps something on search strategy? I downloaded citation data from different sources, then sorted and tidied them, so they included information that showed how the studies had been used. This included things like which country the study originated from and what type of literature it was (e.g., scientific journal, policy document, PhD thesis, book, etc.).
Now the question was, “How do I display this information on the app?”
The IID3 app
The app currently includes three tabs. The first is the metrics for the outputs from the studies that I found in the searches, such as citations, mentions, policy, social media, or how many times the piece of work was viewed or downloaded.
The second tab describes the uses in literature. This includes commonly used words in the citing works' titles to show what subject areas are referencing the material and what types of works the citing works are (books, journal articles, policy documents, etc.).
Finally, the third tab, which really is the pièce de résistance of the app (if I do say so myself), shows global reach. That is, what countries have cited or used the IID1 and 2 outputs.
You can view the app's current version online.
Findings
The data that I used in making the app included reports and academic outputs. I found over 2,500 citations primarily focusing on gastroenteritis and the causes of food-borne illnesses. The images below show the word cloud the app creates of the most common words used in the titles of citing works of the IID studies.
The data also came from 91 countries and included 49 government reports as shown in the map below!
What’s next?
As IID3 rolls out, I will assess the uptake of our published outputs in the same ways I did for IID1 and IID2.
I still have many plans for the data I have collected. I am exploring the dataset using network analysis to find evidence of which reports or papers are cited more / generate the most interest. The value of the app goes beyond the visualisation of the global and literary engagement of the IID studies. It identifies gaps, for example, that internet searches such as Google Scholar and Web of Science, etc. are insufficient to capture impact (i.e. grey literature and internal government reports).
Further research will close these gaps through consultation with colleagues at the Food Standards Agency (FSA) and the UK Health Security Agency (UKHSA) to document how these outputs are used internally at the FSA and in other public health agencies. Eventually, I want to trace where the outputs have been used to inform decision-making, e.g. in official documents.
Finally, the app could benefit those interested in gastrointestinal disease, and I aim to increase awareness of it. It is a work in progress, as I have to make the app work for any user's data. If this sounds like it would benefit you, keep an eye out over the next few months for updates on the FSA website.
Mesur cyrhaeddiad y ddwy astudiaeth flaenorol o glefydau perfeddol heintus a’r defnydd ohonynt, a hynny’n fyd-eang
Beth yw’r diddordeb byd-eang mewn astudiaethau i faich clefydau perfeddol heintus (IID)? Fy nod oedd ateb hyn trwy archwilio’r defnydd o adroddiadau astudio IID1 ac IID2, a gwaith cysylltiedig, a delweddu’r canfyddiadau gan ddefnyddio rhyngwyneb cymhwysiad (ap) deinamig.
Ar hyn o bryd, rwy’’n gydymaith ymchwil ym Mhrifysgol Newcastle, ac rwy’n gweithio ar y drydedd astudiaeth o IID (IID3) yn y DU. Roedd fy niddordeb mewn epidemioleg a modelu epidemiolegol yn gwneud hon yn her y gwnes i ei mwynhau’n fawr. Dyma gyflwyno ’ein diweddariad diweddaraf, lle byddaf yn eich tywys trwy’r ap, gan rannu newyddion cyffrous am ble y gallai hyn arwain.
Cefndir
Mae’r IID3 wedi’i gynllunio i amcangyfrif baich presennol IID yn y DU. Nod yr astudiaeth yw darparu amcangyfrifon diwygiedig o gyfanswm mynychder y clefydau, yn ogystal ag asesiad o’r organebau sy’n eu hachosi. Mae gennym ddiddordeb mewn sut y bydd y canfyddiadau hyn yn cael eu defnyddio, felly y cwestiwn a ofynnwyd gennym oedd sut y gallem fesur defnydd a chyrhaeddiad byd-eang yr astudiaeth ac unrhyw waith cysylltiedig. Fy nhasg i oedd datblygu strategaeth i asesu ymwybyddiaeth o’r astudiaeth gyfredol, ynghyd â’i chyrhaeddiad a’i heffaith, yn seiliedig ar sut y defnyddiwyd y ddwy astudiaeth IID flaenorol mewn llenyddiaeth a pholisi gwyddonol.
Pwysigrwydd
Mae 1 o bob 5 o bobl yn y DU yn dioddef o glefydau gastroberfeddol ac amcangyfrifir eu bod yn costio £1.5 biliwn i’r DU bob blwyddyn. Mae astudiaethau aml-sefydliadol IID1 (Awst 1993 – Ionawr 1996) ac IID2 (Medi 2007 – Awst 2009) wedi rhoi tystiolaeth i lunwyr polisi o fynychder, achos a baich IID ym mhoblogaeth y DU. Mae llawer o ddiddordeb polisi yn yr astudiaethau hyn yn fyd-eang, gan fod costau amcangyfrifedig clefydau dolur rhydd yn rhyw 345 miliwn EUR yn yr Iseldiroedd, 270 miliwn EUR yn Awstralia a 2.8 biliwn EUR yng Nghanada.
Methodoleg
Mae fy nghefndir ym maes ystadegau a modelu cyfrifiadurol. Felly, fy syniad cyntaf oedd creu, nid yn unig ffordd awtomataidd o ddidoli trwy sypiau mawr o ddata dyfynnu, ond hefyd ffordd hwyliog a rhyngweithiol o ddangos y data a oedd yn caniatáu i’r defnyddiwr archwilio’r data ar sail ar eu diddordebau eu hunain. Pa ffordd well o wneud hyn na chreu ap?
Ond cyn i mi allu gwneud hyn, roedd angen data arnaf, efallai rhywbeth ar strategaethau chwilio? Fe wnes i lawrlwytho data dyfyniadau o wahanol ffynonellau, yna eu didoli a’u tacluso, fel eu bod yn cynnwys gwybodaeth a oedd yn dangos sut roedd yr astudiaethau wedi’u defnyddio. Roedd hyn yn cynnwys pethau fel o ba wlad y tarddodd yr astudiaeth a pha fath o lenyddiaeth ydoedd (er enghraifft, cyfnodolyn gwyddonol, dogfen bolisi, thesis PhD, llyfr, ac ati).
Y cwestiwn nesaf oedd, "Sut mae arddangos yr wybodaeth hon yn yr ap?"
Yr ap
Mae’r ap yn cynnwys tri tab ar hyn o bryd. Y cyntaf yw’r metrigau ar gyfer allbynnau’r astudiaethau a ddarganfyddais yn y chwiliadau, megis dyfyniadau, cyfeiriadau atynt, polisi, y cyfryngau cymdeithasol, neu sawl gwaith y cafodd y darn o waith ei weld neu ei lawrlwytho.
’Mae’r ail dab yn disgrifio’r defnyddiau mewn llenyddiaeth. Mae hyn yn cynnwys geiriau a ddefnyddir yn gyffredin yn nheitlau’r darnau sy’n dyfynnu i ddangos pa feysydd pwnc sy’n cyfeirio at y deunydd a pha fathau o ddarnau sy’n ei ddyfynnu (llyfrau, erthyglau mewn cyfnodolion, dogfennau polisi, ac ati).
Y’ trydydd tab yw cyflawniad mwyaf trawiadol yr ap (er mai fi fy hun sydd yn dweud hynny). Mae’n dangos y cyrhaeddiad yn fyd-eang. Hynny yw, pa wledydd sydd wedi dyfynnu neu ddefnyddio allbynnau IID1 a 2.
I weld fersiwn cyfredol yr ap, cliciwch ar y ddolen isod.
Canfyddiadau
Roedd y data a ddefnyddiais wrth greu’r ap yn cynnwys adroddiadau ac allbynnau academaidd. Cefais hyd i dros 2,500 o ddyfyniadau a oedd yn canolbwyntio’n bennaf ar gastroenteritis ac achosion salwch a gludir gan fwyd. Mae’r lluniau isod yn dangos y cwmwl geiriau y mae’r ap yn ei greu o’r geiriau mwyaf cyffredin a ddefnyddir yn nheitlau’r darnau sy’n dyfynnu’r astudiaethau IID.
Daeth y data hefyd o 91 o wledydd ac roedd yn cynnwys 49 o adroddiadau llywodraethau fel y dangosir yn y map isod!
Beth fydd yn digwydd nesaf?
Wrth i IID3 gael ei gyflwyno, byddaf yn asesu faint o’n hallbynnau cyhoeddedig a ddefnyddir yn yr un ffyrdd ag y gwnes i ar gyfer IID1 ac IID2.
Mae gen i lawer o gynlluniau o hyd ar gyfer y data rydw i wedi’i gasglu. Rwy’n archwilio’r set ddata gan ddefnyddio dadansoddiad rhwydweithio i ddod o hyd i dystiolaeth o ba adroddiadau neu bapurau sy’n cael eu dyfynnu fwyaf / sy’n ennyn y diddordeb mwyaf. Mae gwerth yr ap yn mynd y tu hwnt i ddelweddu’r ymgysylltiad byd-eang a llenyddol â’r astudiaethau IID. Er enghraifft, mae’n nodi bylchau nad oes modd nodi eu heffaith gan ddefnyddio Google Scholar a Web of Science i chwilio ar y rhyngrwyd, oherwydd eu bod yn annigonol yn hynny o beth (hynny yw, llenyddiaeth lwyd ac adroddiadau mewnol llywodraethau). Bydd ymchwil bellach yn cau’r bylchau hyn trwy ymgynghori â chydweithwyr yn yr Asiantaeth Safonau Bwyd (ASB) ac Asiantaeth Diogelwch Iechyd y Deyrnas Unedig (UKHSA) i ddogfennu sut y defnyddir yr allbynnau hyn yn fewnol yn yr ASB ac mewn asiantaethau iechyd cyhoeddus eraill. Yn y pen draw, rwyf am olrhain lle mae’r allbynnau wedi’u defnyddio i lywio’r broses o wneud penderfyniadau, er enghraifft, mewn dogfennau swyddogol.
Yn olaf, gallai’r ap fod o fudd i’r rhai sydd â diddordeb mewn clefydau gastroberfeddol, a fy nod yw cynyddu ymwybyddiaeth ohono. Mae’n waith sy’n mynd rhagddo ar hyn o bryd, gan fod yn rhaid imi wneud i’r ap weithio ar gyfer data unrhyw ddefnyddiwr. Os yw hyn yn swnio fel y byddai o fudd i chi, cadwch lygad am ddiweddariadau ar wefan yr ASB dros y misoedd nesaf.
Leave a comment